论坛速递： “小彩虹YOU-YOU”遗传病案例分享解读会第1期圆满结束

发布日期：2022-05-06

论坛速递

基因组医学时代，为了提高遗传病基因检测报告的解读能力，推进临床遗传咨询相关工作，上海市遗传学会临床遗传与遗传咨询专业委员会（CGGC）和小彩虹医学遗传学者会联合多个学会组织推出的“小彩虹YOU-YOU”遗传病案例分享解读会，4月30日，第1期“遗传代谢病案例解析会”线上圆满举行。

开场致辞

沈亦平教授发表开场致辞

本次会议非常荣幸邀请到哈佛大学医学院波士顿儿童医院沈亦平教授为此次案例分享解读会开场致辞。沈教授认为以案例为切入点是非常的学习方式，以多学科的角度，不同的专业人员一起来讨论，无论是讲者还是听众都会受益匪浅，将是一次非常有意义的活动。随着分享讨论案例的积累，对临床诊疗和遗传咨询指导意义也越大，期待后期更多的有价值案例通过不同的渠道来进行分享，逐步构建成一个遗传病案例分享讨论平台，祝愿本次活动圆满举行。

案例分享

逯军主任：一例α-酮己二酸尿症患儿案例分享

中南大学湘雅医学院附属海口医院儿童医学部逯军主任首先详细介绍了“一例α-酮己二酸尿症患儿”的临床特征，从病史资料、常规辅助检查、遗传学检测以及诊疗等方面做了详细描述。患儿2岁8个月首诊孤独症症状，表现为行为刻板，时有自言自语，较少与人主动对视和言语交流，身体协调性差，易磕碰、摔倒。病程中有间断抽搐3次，无明确诱因，发育里程碑尚好。对患儿进行一系列的常规检查，通过串联质谱发现尿有机酸异常，其中包括α-酮己二酸和α-羟基己二酸等有机酸浓度异常升高。

该案例通过上海韦翰斯生物的三人家系临床全外显子组项目（CES）进行基因检测，CES包含目前OMIM收录已知与疾病有明确致病关系的所有基因和线粒体基因组全长，可以提示CNV。检测结果发现患儿DHTKD1基因存在复合杂合变异（父源和母源），其表型与基因型相符合，最终诊断为α-酮己二酸尿症以及孤独症谱系障碍、惊厥。治疗上，主要是日常低蛋白饮食，尤其避免过多地摄入富含赖氨酸的食物；定期进行规范的行为康复训练治疗。最后，逯主任强调孤独症谱系障碍和惊厥在儿童群体中虽并算不罕见，但这两种症状可能是某些罕见遗传代谢病的首发症状，应注意予以鉴别；对于尿有机酸分析明显异常的患儿，联合分子遗传学检测技术，可以在一定程度上提高罕见遗传代谢病的病因诊断，避免误诊和漏诊。

变异解读

复旦大学研究生林伟胜进行变异解读

来自复旦大学遗传咨询方向的研究生林伟胜从基因检测项目、检测结果、疾病概述与变异致病性分类、基因型-表型关联等多个方面对该案例基因检测报告进行全面解读。本案例患儿携带了DHTKD1上复合杂合变异，一个是错义突变，一个是包含最后一个外显子缺失的最后三个外显子缺失。变异解读的难点是一个是错义变异，REVEAL 为0.56，按照2015年ACMG变异解读指南很难升级，另外一个变异为整码缺失，PVS1如何使用。另外，DHTKD1可以导致两种不同遗传模式下的疾病，在OMIM数据库中DHTKD1基因异常可导致常染色体隐形遗传的α-氨基己二酸-α-氧基己二酸尿症，或常染色体显性遗传的轴突性腓骨肌萎缩症2Q型。

对于基因与疾病的关系方面，ClinGen已经评估DHTKD1基因与α-氨基己二酸-α-氧基己二酸尿症的关系为Definitive，DHTKD1基因与轴突性腓骨肌萎缩症2Q型的关系ClinGen未做评估，GenCC评估为Strong。其中，α-氨基己二酸-α-氧基己二酸尿症是赖氨酸、色氨酸和羟赖氨酸代谢的缺陷，导致体内α-氨基己二酸和α-氧基己二酸的积累。DHTKD1编码2-氧己二酸脱氢酶，是2-氧代己二酸脱氢酶复合物（OADHc）的一部分，DHTKD1基因突变可导致OADHC 的一部分活性降低，随之影响其下游琥珀酸辅酶A、NADH 和三磷酸腺苷的生产，最终影响神经轴索信号的传送（如下图）。目前大概有20多个病例被报道，约一半的患者无症状，而其他患者有轻度至重度智力障碍、小头畸形、肌肉张力过低、发育迟缓、共济失调和癫痫发作等表型。

进一步，林伟胜通过详实的文献回顾，系统梳理了DHTKD1基因变异与不同表型的关系。2012年、2015年两篇文献分别报道了两个家系和10个患者，患者表现α-氨基己二酸-α-氧基己二酸尿症，同时还有其他临床表型，如中度至重度精神运动发育迟滞、言语迟缓等。有意思的是，我们发现2015年的10个病例中的病例4和病例7仅检出DHTKD1基因1个杂合变异。还发现，两篇文献中多例患者都携带p.G729R，提示这可能是一个热点变异。

另外，DHTKD1基因异常可能与常显遗传的轴突性腓骨肌萎缩症（CMT）、肌萎缩侧索硬化症（ALS）相关，或与常隐遗传的脊髓性肌萎缩症（SMA）相关。2012年文献报道了1个大家系，携带DHTKD1基因一个杂合无义变异，表型为CMT2Q临床特征。2021年文献报道在771名不相干的ALS患者筛查到了14个罕见的DHTKD1基因杂合变异，平均发病年龄为71岁。通过梳理总结，发现DHTKD1基因变异类型和分布位置与疾病的关系没有特殊的规律。不过现有病例数有限，同时也需要进一步功能研究，才能更好揭示DHTKD1基因型与表型的关系。

最后，他又简单介绍了检测到与受检者部分临床表型相关的BTD基因可能致病性变异（AR），以及ACMG声明需要作为次要报告的73个基因中的已知致病变异（LDLR基因）, LDLR可导致常染色体显性或隐性遗传的脂蛋白代谢异常疾病，需要进行监测。

案例讨论

张惠文研究员发表讨论观点

上海交通大学医学院附属新华医院小儿内分泌与遗传代谢专家张惠文研究员针对此案例，从患儿的临床表现、诊断和治疗方面分享了一些建议和思考。

在临床方面：患儿足月出生，但是体重偏小，应该考虑了解患儿家族史如父母的身高。从逯主任的介绍中看出患儿大运动基本正常，但是语言和智力发育落后，从内分泌和代谢角度考虑需要做全套生化检查和常规代谢检查（包括串联质谱检测）。

在诊断方面：咨询逯主任做串联质谱检测地方及检测结果阳性率如何？

在治疗方面：根据已介绍的DHTKD1基因突变导致的代谢通路异常，去制定治疗方案，一是减少上游代谢受阻一些物质摄入，例如可以尝试吃低赖氨酸和色氨酸的特殊奶粉，不仅仅是可能影响孩子生长发育的低蛋白的饮食；二是增加下游缺失物质的摄入；三是促进异常代谢贮积底物的代谢，补充一些相关的药物或维生素等。

张军玉副研究员发表讨论观点

遗传病专家张军玉副研究员从基因检测、评级证据使用、生殖遗传等方面表述了自己一些想法。

在基因检测方面，本案例采用家系全外，分别检测出了错义变异和缺失变异，提示我们在做全外时，对于外显子缺失或者CNV的分析是非常重要的。

在评级证据使用方面，张老师认为伟胜的解读是非常到位的，对证据的使用非常认同。PP4、PM3证据的使用与逯主任非常到位的临床检查结果密不可分。如果进行针对性治疗，如减少上游有害代谢物摄入或增加下游缺失物质等，患儿临床症状得到缓解或者改善，那么PP4证据还可能升级为PP4_Moderate。另外，患儿有两个表型，一个是α-酮己二酸尿症，另一个是CMT。对于CMT，建议随访案例中其他的家庭成员，看他们有没有相关的表型，如果存在突变与疾病共分离的现象，PP1证据可能也可使用。有意思的是，在基因层面，患儿的两个表型，致病机制都是LOF，当一个基因对应了两种表型，多种表型或者遗传方式，如果这两种疾病的致病机制是相同的话，两种疾病变异解读的证据项是可以累加起来的。

在次要发现基因方面，检测还发现LDLR基因的致病变异，属于ACMG声明中建议的73个次要发现基因之一，提示该变异可能导致受检者胆固醇升高。这些次要发现基因导致的疾病是可以进行医疗干预的，建议扩大家系分析，对携带者进行适当的检查，及时给予干预治疗。

在生殖遗传方面，如果患儿父母要生二胎的话，建议可以选择做三代试管或者产前诊断，从而避免新生儿有类似的缺陷。另外，患儿携带BTD基因的可能致病性变异，变异来源于母亲，由于WES/CES检测报告通常只针对先证者相关变异进行检测，在生育遗传咨询时，需注意患儿父亲的BTD基因是否有其他变异。

案例总结

安宇老师做会议总结

讨论最后，主持人复旦大学人类表型组研究院安宇老师对该次会议做了全面深刻的总结。

安老师简要回顾上述专家的分享解读，认为这是一例非常有意思罕见的疑难遗传代谢病案例，在临床诊疗、变异致病性评级和升级、生殖遗传方面都是有难度的。

在DHTKD1基因变异解读上，尤其在在评级证据项的使用和升级方面，做了进一步深入细致的拓展性解读：

1）变异在自然人群中有报道，且因为研究小范围采集偏移情况，可能存在等位基因频率较高证据项，PM2能否使用？

2）错义变异REVEAL值为0.56，是否能使用PP3吗？

3）单个、多个外显子缺失采用ACMG关于SNV与CNV的解读指南评估得到证据等级一样吗？

4）包括最后外显子缺失的变异，如何使用PVS1的条款？

5) 因为通过“小彩虹YOU-YOU”，该案例的一个错义变异找到了一个携带相同变异的CMT患者的案例，从而可以使用了PS4_Supporting，也体现了变异互相分享和互相匹配的重要性。

另外，安老师通过用详细的案例举例，介绍了如果一个基因突变既可以有AD和AR遗传模式，导致严重程度不同疾病或者完全不同的疾病，应该怎么理解和进行变异解读。这凸显了遗传咨询研究的重要性，为更好地阐明基因型-表型的关系，需要了解基因导致疾病的分子病理机制，是否疾病需要合并或拆分，是否是剂量敏感基因，是否存在hot spots，是否存在已知功能的结构域，是否存在可以有效评估的功能实验(如酶活性测定)等。

最后，安老师在患儿家庭未来优生计划和家系随访上要注意的事项做了进一步补充。

小彩虹YOU-YOU可以提供给大家一个基因或变异匹配的机会，希望大家积极踊跃上传案例，也许能找到相似的病例和变异位点。

此次案例分享解读会在热烈的讨论声中圆满结束，会议内容丰富，实用性强，在交流中，专家通过对案例精彩分享，深入的讨论和解读，大家的观点相互碰撞，无论是讲者还是听众，都收获满满。

“小彩虹YOU-YOU”论坛案例分享解读，让我们期待下次精彩继续！

主办单位:

上海市遗传学会-临床遗传与遗传咨询专业委员会

小彩虹医学遗传学者会

湖北省遗传学会基因健康专业委员会

中国遗传学会遗传诊断分会

全国生育健康遗传关怀合作联盟

上海市遗传病基因检测和出生缺陷三级防控专业技术服务平台

赞助单位:

上海韦翰斯生物医药科技有限公司

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